Compreende do sexto ao nono ano. Nesse período o aluno dá prosseguimento ao estudo das disciplinas que ele já está habituado em sua trajetória escolar. Há a continuidade do estudo de Língua Portuguesa, Matemática, História, Geografia, Ciências (Química e Física no 9º. ano), Artes, Educação Física e Inglês além da atividade extra curricular de Karatê e, para os alunos do 8º. e do 9º. anos é também ministrada a disciplina de Ética e Empreendedorismo.

A Rede Pitágoras possibilita a todos os alunos desse segmento participarem do evento acadêmico denominado Maratona do Conhecimento. Trata-se de um torneio acadêmico que envolve todos os alunos pertencentes às escolas parceiras da Rede espalhados pelo Brasil e testa as habilidades cognitivas desenvolvidas.